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Why genomics labs need a modern laboratory information system

Steve Abbs is working as a genomics consultant with CliniSys. In the first of a series of blogs on the developing field of genomic testing and precision medicine, he argues how the genomics laboratory hubs being set up in England can benefit from deploying a modern LIMS to enable them to run more efficiently, deliver […]

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Why genomics labs need a modern laboratory information system

Steve Abbs is working as a genomics consultant with CliniSys. In the first of a series of blogs on the developing field of genomic testing and precision medicine, he argues how the genomics laboratory hubs being set up in England can benefit from deploying a modern LIMS to enable them to run more efficiently, deliver results effectively to clinicians, and lay the IT foundations for precision medicine.

We have reached an interesting point in the development of genetic medicine in the UK. It is no longer the preserve of a few, small research groups. It is on the cusp of becoming a routine part of medical practice, and an established diagnostic tool for some cohorts of patients.

To support these developments, genomics labs will need to change and the technology they use will need to change with them. They will need to move away from the paper-based management of samples, adopt standardised processes, and deliver results to clinicians in a meaningful way that can be integrated seamlessly with the electronic patient record. In short, it is time for genomics labs to adopt a modern laboratory information system; a genomics LIMS.

Moving from lab to hub requires a LIMS

How have we got to this point? Genetics was originally two disciplines. Cytogenetics looks at genetic material under a microscope in order to identify chromosomal abnormalities. While molecular genetics looks at changes at a more detailed level of the DNA sequence within genes and the genome.

As a discipline, cytogenetics made big advances in the 1960s and 1970s, while molecular genetics came along in the 1980s. The first human gene to be sequenced was the gene for cystic fibrosis, in 1989. Since then, 20,000 genes have been sequenced, while the first whole genome, for Haemophilus influenza, was sequenced in 1995, and the first human genome followed in 2003.

So, there has been rapid and impressive progress in this area. On the lab front, the developments encouraged the NHS to set up labs to provide clinical genetic services. Most of them came out of a research setting and initially were very small. But to build on the 100,000 Genomes Project that ran from 2014-18, the NHS in England decided to establish a national Genomic Medicine Service.

This is being delivered by seven genomic laboratory hubs or GLHs that were chosen through a national procurement process. The GLHs are delivering the National Genomic Test Directory, which is in two parts, covering rare or inherited diseases, and cancers.

Historically, genetic and cancer tests have generally been provided in different laboratories, as molecular and cytogenetic tests have been. In theory, the GLHs are uniting the two disciplines of cyto and molecular genetics and testing for both cancer and inherited disorders.

However, in practice, we know that the degree of integration is variable, and any process that involves changing traditional practice is lengthy and difficult. This is one area where the deployment of a modern LIMS can help; as pathology networks have proved, using a common IT system encourages common working practices [a subject I’ve blogged about in more detail here].

Replacing risky, costly paper processes

One of the principal reasons for setting up genomic laboratory hubs is that it would be impossible for any one lab to deliver all the tests in the National Genomic Test Directory. All seven GLHs will provide the more commonly requested or core tests, while samples will be sent from one lab to another for specialist, rarer tests, or to a national central laboratory for whole genome sequencing.

Sending samples around the system requires a considerable amount of administration and, at the moment, this is a very paper-based process. Many orders come into a lab on paper, they are sent on to other labs with accompanying paperwork, and if they are sent to the central lab for whole genome sequencing they have to be transcribed onto the new national genomics informatics system.

This is where a modern LIMS would really come into its own, because the whole purpose of a LIMS is to keep track of orders, samples and results. Similarly, when genomics labs are running tests there is a lot of paper involved. Without a functioning LIMS, there is reliance on Excel spreadsheets to keep on top of the workload, which means there is a lot of transcription and manual manipulation of data.

Integrating the analysers with a LIMS would make genomics labs safer because there would be less potential for human error, and more efficient because there would be a massive reduction in the amount of time spent keying and checking data. It would also mean the labs were ready for scaling up to the next generation of analysers, which are coming.

Supporting the interpretation of complex data

These arguments in favour of a LIMS will be familiar to pathologists – who would probably find it hard to imagine running a modern path lab without one! But a genomics LIMS needs some specific features.

One is that it needs to be able to report results to clinicians in a way that is useful. The output from a genetic test is rarely a simple number. There tends to be a qualitative element that explains how the result was arrived at and what it is likely to mean for the clinician, their patient and their family.

That’s because for most of the inherited conditions that you might be running a test for there is no treatment available, currently. Instead, the test is initially a diagnostic test for the index case, and after that the results are available to be used in a predictive manner. For example, they may be used to advise a family on their chances of having another severely ill child, or to let relatives know that they are at greater risk of developing a condition later in life, like Huntington Disease.

A genomics LIMS will bring all that complex information together. The genomics LIMS that CliniSys has introduced to the UK market, GLIMS Genomics, facilitates this through its integrated pedigree drawing tool. This enables the family tree to be drawn, using data on relatives that is stored in the database. Laboratory results can then readily be displayed on the pedigree drawing, providing a visualisation of how genomic variants are tracking within a family.

A genomics LIMS will also give direct access to expert interpretive resources; GLIMS Genomics can integrate with leading databases (ClinVar, dbSNP, HGMD and others) and, importantly, it includes a function for reviewing the ACMG classification of variants that have previously been reported from the LIMS and that may need re-reviewing in light of new evidence that has meant a re-classification.

Integrating LIMS and EPR lays the foundation for precision medicine

What is the future for genomic medicine? One positive development is that therapeutic interventions for severe inherited conditions are starting to become available. However, they are often very specific to a very specific pathogenic variant.

This means that, if a patient is going to benefit, the causative variant needs to be recorded accurately in their medical history to enable clinicians to readily identify whether a patient is suitable for treatment, or could be added to a patient registry used to source patients who are eligible for clinical trials.

Another positive development is that whole genome sequencing is becoming more common. Although the primary indication for receiving whole genome sequencing is likely to be a diagnostic test, the fact that the genomic sequence data is available means it can be interrogated to guide clinical management.

One important reason for doing this interrogation is to identify genomic variants associated with pharmacogenomic implications. A nice example is the application of four sequence variants in the DPYD gene that control how drugs are broken down in the liver.

These can affect the risk of a patient experiencing a severe or fatal side effect from the fluoropyrimidines that are commonly used to treat a number of cancers. The genotypes at these four loci are used to indicate the starting dose for treatment with fluoropyrimidines, or whether patients are given a completely different treatment, in order to minimise the risk of an adverse effect.

Adverse reactions to drugs are a huge and expensive problem in the NHS, as in all healthcare systems, so being able to avoid them like this is a major benefit for patients and for healthcare funding bodies. But to do that, the genomic data needs to be readily available to the clinician treating the patient.

These examples of precision medicine mean that a final – and very important – justification for genomic laboratories to deploy a modern LIMS is to enable full integration with hospital electronic patient record systems so that the benefits of personalised medicine can be fully realised.

Making the right IT investments, now

These kinds of scenario are only going to become more common as more personalised therapies become available, as more clinical trials take place, and as whole genome sequencing becomes cheaper and more embedded in routine healthcare. Already, genomic data is being pulled into clinical multi-disciplinary team meetings, to help clinical teams decide how best to manage a patient.

Having direct connectivity to all the relevant information from the genomic LIMS via the EPR would greatly facilitate these meetings. But in the future, it may be possible for clinicians to enter a patient’s symptoms into a rules-engine within an EPR, pull up a standard genetics order set, and send off for the tests they need to get an answer.

There is no doubt that precision medicine is sending ripples of excitement through the clinical community and that it holds out enormous potential for delivering more accurate treatment and prevention strategies to patients. However, it can only happen if we have good integration between the systems that are used to order tests, to run genomics labs, to interpret and report results, and to record patients’ histories.

GLIMS Genomics is designed for clinical genomics laboratories and can help labs improve their efficiency, catalyse transformation and standardisation across genomic networks, handle and communicate complex genomic data, and integrate with numerous local, national, and international informatic systems and resources to support patient management and precision medicine.

GLIMS Genomics is a comprehensive, modern LIMS for state of the art genomics laboratories, and can help transform genomic medicine in the NHS.

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MIPS apoya sus clientes de GLIMS con tecnología pooling contra el SARS-CoV-2

El nuevo coronavirus que causa la enfermedad COVID-19 todavía tiene el mundo bajo su hechizo. Los laboratorios de todo el mundo han incrementado su capacidad de pruebas PCR en los últimos meses para detectar el virus. Esta prueba implica muchos reactivos para realizar una prueba de PCR y conlleva desafíos logísticos para todos los laboratorios de todo el mundo en aras de maximizar el rendimiento en el laboratorio con equipos existentes, reactivos y suministros disponibles para realizar la prueba.

Aquí es donde las pruebas agrupadas entran en juego. Las pruebas pooling, que consiste en la agrupación de varias muestras y análisis para hacer el testeo a la vez, pueden mejorar sustancialmente la eficiencia y el tiempo de respuesta de una prueba.  A nivel mundial hay muchos laboratorios que han desarrollado técnicas para realizar estas pruebas agrupadas, y más específicas en los países donde MIPS está activo, vemos un interés y demanda en esta prueba agrupada.

MIPS está apoyando nuestros clientes de muchas maneras, en su búsqueda de incrementar la capacidad de pruebas PCR. MIPS, como proveedor de GLIMS y CyberLab, apoya la plataforma nacional de pruebas PCR en Bélgica y al gobierno francés en el proyecto SIDEP en Francia.

Nuestro siguiente nivel de soporte se dirirge a nuestros clientes internacionales con el fin de proporcionar apoyo a la tecnología pooling en GLIMS. Estamos soportando muchos diferentes flujos de trabajo para implementar pruebas agrupadas mediante la configuración en GLIMS. Nuestros equipos han elaborado pautas para nuestros clientes sobre cómo implementar esto rápidamente.

Esto confirma el valor que aportamos a nuestros clientes con un producto como GLIMS.

Si está pensando en implementar pruebas agrupadas en su laboratorio, póngase en contacto con su contacto de MIPS para saber cómo se puede aplicar esto en su configuración.

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MIPS hace una importante contribución en la lucha contra el coronavirus en Bélgica, los Países Bajos, Francia y Alemania.

En un esfuerzo por controlar la pandemia de COVID-19 y aumentar significativamente la capacidad de realizar pruebas, los gobiernos de todo el mundo han establecido programas de detección sistemática. En Bélgica, los Países Bajos, Francia y Alemania, los sistemas de software de MIPS están desempeñando un papel importante en estos programas al facilitar la comunicación entre los laboratorios, las plataformas de software gubernamentales y los diversos organismos que centralizan la información y realizan informes con estos datos.

Como líder del mercado europeo en soluciones de gestión de la información de laboratorio, MIPS también es responsable de proporcionar un apoyo esencial a sus clientes, los laboratorios que están en la línea de fuego de esta crisis sanitaria y que están dedicando toda su energía en procesar un número cada vez mayor de pruebas de COVID-19, al tiempo que siguen llevando a cabo sus tareas diarias de diagnóstico.

La plataforma federal belga para las pruebas de COVID-19 se basa en soluciones de MIPS

El gobierno federal decidió establecer una plataforma de pruebas federal para aumentar la capacidad de realizar pruebas mediante la creación de un consorcio de hospitales universitarios y empresas de software, biotecnología y farmacéuticas. A continuación se creó una plataforma informática basada en la nube para respaldar digitalmente el flujo de trabajo y garantizar que la información pudiera compartirse, de forma óptima y estructurada, entre los distintos laboratorios, organismos gubernamentales, proveedores de asistencia sanitaria y rastreadores de contactos.

Esta plataforma se ha construido con soluciones MIPS, a saber: el sistema de información de laboratorio GLIMS, que tiene un impresionante historial no solo en Bélgica, sino en toda Europa, y CyberLab, la aplicación que utilizan los médicos para solicitar pruebas y consultar los resultados de las pruebas de sus pacientes.

Los miembros del consorcio centraron todos sus esfuerzos en la creación de esta plataforma en un tiempo récord. “La participación de MIPS comenzó con una llamada telefónica durante el fin de semana del 22 de marzo. Inmediatamente asignamos un equipo al proyecto para apoyar al gobierno en su enfoque de esta crisis, y para el 9 de abril el sistema generó sus primeros resultados: solo 17 días después de ese primer contacto sobre este proyecto”, explica John Lebon, director ejecutivo de MIPS.

Todo el proceso se basó en un enfoque estándar y se desarrolló un método para automatizar las pruebas a corto plazo. Esto permitió añadir un laboratorio adicional en menos de una semana.

Al mismo tiempo, MIPS estaba ayudando a cada uno de los laboratorios a aumentar su capacidad de realizar pruebas de PCR conectando analizadores de PCR adicionales.

Mientras tanto, ya se han registrado más de 900.000 resultados de pruebas en la plataforma. Y eso no es todo. Actualmente, MIPS está involucrado de forma activa en el despliegue de “Platform.bis”. A través de esta plataforma, el gobierno belga pretende ampliar aún más la capacidad de realizar pruebas para que todos los laboratorios belgas reconocidos puedan procesar un total de 70.000 a 90.000 pruebas al día. MIPS sigue siendo fundamental para lograr este objetivo, ya que garantiza que las peticiones de pruebas de COVID-19 procedentes de la atención primaria y de los hospitales se transfieran automáticamente a los sistemas de información de los laboratorios para que puedan procesar las pruebas de forma óptima y rápida.

MIPS apoya a los laboratorios del servicio de salud pública GGD de los Países Bajos

Los residentes holandeses que muestren síntomas de infección por coronavirus pueden ser examinados en un centro de pruebas del GGD (Gemeenschappelijke Gezondheidsdiensten, servicio de salud pública). Las muestras recogidas allí se analizan en un laboratorio de microbiología.

Para hacer posible este amplio cribado nacional en torno a la COVID-19, el gobierno holandés ha creado una plataforma central de TI llamada “plataforma CoronIT”. Esta plataforma comparte datos con los sistemas de información de laboratorio (LIS) en los laboratorios que llevan a cabo las pruebas de coronavirus.

El 10 de abril, se pidió a MIPS, cuyo sistema de información de laboratorio GLIMS tiene más del 70 % de la cuota de mercado de los laboratorios de microbiología holandeses, que ayudara a apoyar el lanzamiento de la plataforma CoronIT. Inmediatamente se creó un grupo de trabajo especial en MIPS para facilitar la rápida implementación.

En tan solo unas pocas semanas, MIPS conectó a la plataforma los 12 laboratorios que trabajan directamente con los servicios de salud pública, todos ellos usuarios de GLIMS. En una segunda fase se integraron también otros 15 laboratorios que realizan pruebas cuando los laboratorios de los servicios de salud pública hayan alcanzado sus límites de capacidad. Ahora todos los laboratorios conectados pueden recibir sin problemas peticiones electrónicas de análisis de COVID-19 y enviar los resultados a los servicios GGD.

El gobierno francés elige los sistemas de MIPS para controlar la pandemia

Con el fin de garantizar el rastreo y la supervisión bien organizados de las personas infectadas con COVID-19, el gobierno francés ha establecido la plataforma informática nacional SI-DEP. Esta plataforma permite solicitar pruebas de laboratorio, devolver los resultados de las pruebas a los médicos que las habían solicitado y a los pacientes, alimentar la información en la aplicación de rastreo de contactos del gobierno francés y almacenar los resultados de forma segura en una base de datos nacional.

El gobierno francés, junto con los hospitales públicos de la red Assistance Public – Hôpitaux de Paris (AP-HP) y MIPS, ha logrado crear esta plataforma en tan solo dos meses. El corazón de la plataforma es CyberLab, la aplicación web de gestión de peticiones y consulta de resultados de MIPS.

Se eligió CyberLab porque esta aplicación puede conectarse fácilmente a todos los sistemas SIL que se utilizan en Francia. La solución también es capaz de procesar grandes volúmenes de datos, independientemente de su origen. El hecho de que CyberLab ya hubiera demostrado su eficacia en una configuración similar, sin duda influyó en la decisión francesa de trabajar con MIPS.

Durante la primera fase, los hospitales que estaban equipados con máquinas MGI, que permiten realizar un gran número de pruebas, se conectaron a la plataforma SI-DEP. Todos los demás laboratorios que realizan pruebas de COVID-19 se han conectado en una segunda fase. Hoy en día hay 374 GHT (Groupement Hospitalier de Territoire) y hospitales, y aproximadamente 4.500 laboratorios privados conectados a la plataforma. Juntos, pueden procesar hasta 500.000 resultados de pruebas al día.

Apoyo a los procesos de diagnóstico con nuevos recursos en Alemania

MIPS ha desarrollado varias herramientas y recursos en el contexto de la pandemia, también para sus clientes alemanes. Los sistemas de los clientes se han adaptado en respuesta a la decisión del gobierno federal de reducir el IVA del 19 % al 16 %.

Además, en el contexto de la aplicación de rastreo de contactos con coronavirus, encargada por el gobierno alemán, MIPS se ha asegurado de ofrecer a sus clientes el más alto nivel de apoyo a los procesos relacionados con el diagnóstico del SARS-CoV-2, como la transferencia de datos y la facturación de los servicios de laboratorio correspondientes.

MIPS también ha hecho importantes contribuciones al proceso de diagnóstico propiamente dicho. En un tiempo récord, MIPS se ha conectado a toda una serie de equipos de laboratorio de diversos fabricantes y ha ayudado a sus clientes a establecer rápidamente plataformas de análisis completas y a equipar nuevos departamentos de laboratorio.

MIPS también ha desarrollado una nueva interfaz para la exportación y la transferencia digital de los resultados del coronavirus SARS-CoV-2 al sistema de información e informes DEMIS para el control de infecciones en el Instituto Robert Koch (RKI).

“Estamos muy orgullosos de poder contribuir a las plataformas de pruebas nacionales de Bélgica, Países Bajos, Francia y Alemania para ayudar a frenar la marea de la pandemia de COVID-19 y de poder ayudar a los gobiernos nacionales y a los trabajadores sanitarios a controlar la crisis”, dice John Lebon, director ejecutivo de MIPS. “Es más, también nos encargamos de proporcionar un apoyo óptimo a cada uno de nuestros clientes que se enfrenta a los retos que conlleva la lucha contra esta pandemia. Siempre que es necesario, seguimos adaptando nuestras soluciones; de hecho, también asistimos a nuestros clientes internacionales permitiendo la realización de pruebas conjuntas en GLIMS. Al compartir conocimientos y experiencias más allá de las fronteras, hemos logrado apoyar de manera óptima cuatro proyectos nacionales, a pesar de la premura de tiempo sin precedentes y las circunstancias excepcionales en las que nos vimos obligados a trabajar”.

“También me gustaría aprovechar esta oportunidad para agradecer a todos los miembros del equipo de MIPS que participaron en estos proyectos de gran envergadura”, añade John Lebon. “Un logro como este solo es posible gracias a la actitud entusiasta, profesional, receptiva y constructiva de todas las partes involucradas, desde nuestros clientes y empleados hasta los gobiernos nacionales”.


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MIPS makes an important contribution to the fight against corona in Belgium, the Netherlands, France and Germany

In an effort to control the COVID-19 pandemic and to significantly scale up testing capacity, governments throughout the world have set up screening programmes. In Belgium, the Netherlands, France and Germany, the software systems from MIPS are playing an important role in these programmes by facilitating the communication between the laboratories, the governmental software platforms, and the various agencies that centralise and report on the data.

As the European market leader in laboratory information management solutions, MIPS is also responsible for providing essential support to its customers – those laboratories that are in the line of fire of this health crisis and are devoting all their energy to processing increasing numbers of COVID-19 tests while, at the same time, continuing to perform their daily diagnostic tasks.

Belgian federal platform for COVID-19 testing relies on solutions from MIPS

The Federal Government decided to set up a federal testing platform to increase testing capacity by creating a consortium of university hospitals and software, biotech, and pharmaceutical companies. A cloud-based IT platform was then created to digitally support the workflow and to ensure that the information could be shared, optimally and in a structured manner, between the various laboratories, governmental agencies, care providers, and contact tracers.

This platform has been built with MIPS solutions: namely, the GLIMS laboratory information system, which has an impressive track record not only in Belgium but across Europe, and CyberLab, the application used by doctors to requests tests and to consult their patients’ test results.

The members of the consortium focused all their efforts on setting up this platform in record time. “The involvement of MIPS started with a telephone call during the weekend of 22 March. We immediately assigned a team to the project to support the government in their approach to this crisis, and by the 9th of April the system generated its first results – only 17 days after that first contact about this project,” explains John Lebon, CEO of MIPS.

The entire process was based on a standard approach and a method was developed to automate the testing in short order. This made it possible to add an extra laboratory in less than a weeks’ time.

At the same time, MIPS was helping the individual laboratories to increase their capacity for PCR testing by connecting extra PCR devices.

Meanwhile, more than 900,000 test results have already been recorded in the platform. And that is not the end of it. Currently, MIPS is actively involved in the roll-out of ‘Platform.bis’. Via this platform, the Belgian government aims to further expand testing capacity so that all recognised Belgian laboratories can process a total of 70,000 to 90,000 tests per day. MIPS remains instrumental in achieving this goal by ensuring that the requests for COVID-19 tests from primary care sources and from hospitals are automatically transferred to the laboratories’ information systems so that they can optimally, and quickly, process the tests.

MIPS supports the Netherlands’ GGD laboratories

Dutch residents who show symptoms of coronavirus infection can be tested at a GGD (Gemeenschappelijke Gezondheidsdiensten) test site. The samples collected there are then analysed in a microbiology lab.

To make this wide-ranging, national COVID-19 screening possible, the Dutch government has set up a central IT platform called the ‘CoronIT-platform’. This platform shares data with the laboratory information systems (LIS) in the labs that perform the corona tests.

On 10 April, MIPS, whose GLIMS laboratory information system has over 70% of the market share of Dutch microbiology laboratories, was asked to help support the launch of the CoronIT-platform. A special task force was immediately created at MIPS to facilitate rapid implementation.

In just a few weeks’ time, MIPS connected the 12 laboratories that work directly with the GGDs, all of whom are GLIMS users, to the platform. Another 15 laboratories that perform analyses when the GGD testing labs have reached their capacity limits were also integrated during a second phase. Now all of the connected laboratories can seamlessly receive electronic orders for COVID-19 analyses and send the results back to the GGDs.

French government chooses MIPS systems to control the pandemic

In order to ensure the well-organised tracing and monitoring of people infected with COVID-19, the French government has established the national SI-DEP IT platform. This platform makes it possible to request laboratory tests; to return the test results to requesting clinicians and to the patients, to feed the information into the contact tracing app from the French government, and to store the results securely in a national database.

The French government, together with the Assistance Public – Hôpitaux de Paris (AP-HP) hospitals and MIPS, has succeeded in building this platform in just two months. The heart of the platform is CyberLab, MIPS’ web-based order entry and result consultation application.

CyberLab was chosen because this application can easily be linked to all the LIS systems that are used in France. The solution is also capable of processing large volumes of data, independent of their origins. The fact that CyberLab had already proven its effectiveness in a similar configuration certainly played a role in the French decision to work with MIPS.

During the first phase, the hospitals that were equipped with MGI machines, which allow large numbers of tests to be carried out, were connected to SI-DEP. All other laboratories that perform COVID-19 testing have been connected in a second phase. Today, there are 374 GHT’s (Groupement Hospitalier de Territoire) and hospitals, and approximately 4,500 private laboratories connected to the platform. Together, they can process up to 500,000 test results per day.

Support for diagnostic processes with new functionalities in Germany

MIPS has developed various tools and functionalities in the context of the pandemic for its German customers as well. Customer systems have been adapted in response to the federal government’s decision to reduce the VAT from 19 percent to 16 percent.

Furthermore, in the context of the corona contact tracing app that was commissioned by the German government, MIPS has ensured it offers its customers the highest level of support for the processes related to SARS-CoV-2 diagnostics, such as the transfer of data and the invoicing of the accompanying laboratory services.

MIPS has also made significant contributions to the diagnostic process itself. In record time, MIPS has interfaced to a whole series of laboratory equipment from various manufacturers and helped its customers to quickly set up complete analysis platforms and equip new laboratory departments.

MIPS has also developed a new interface for the export and digital transfer of SARS-CoV-2 results to the DEMIS reporting and information system for infection control at the Robert Koch Institute (RKI).

“We are very proud that we can contribute to the national testing platforms in Belgium, The Netherlands, France and Germany, helping to stem the tide of the COVID-19 pandemic and that we can help the national governments and healthcare workers to get the crisis under control,” says John Lebon, CEO of MIPS. “What’s more, we also take care of providing optimal support to every one of our customers that is confronted with the challenges brought about by the fight against this pandemic. Wherever necessary, we continue to adapt our solutions – in fact, we also support our international customers by enabling pooled testing in GLIMS. By sharing knowledge and experience across borders, we have succeeded in optimally supporting four national projects, despite the unprecedented time pressure and the exceptional circumstances in which we were forced to work.”

“I would also like to take this opportunity to thank everyone from the MIPS team who was involved in these massive projects,” adds John Lebon. “An accomplishment like this is only possible because of the enthusiastic, professional, responsive and constructive attitude of all parties involved, from our customers and employees to the national governments.”

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MIPS leistet einen wichtigen Beitrag zum Kampf gegen Corona

Um die COVID-19-Pandemie in den Griff zu bekommen und die Testkapazitäten deutlich auszuweiten, haben Regierungen in aller Welt Screening-Programme aufgelegt. Bei den Programmen in Belgien, den Niederlanden, Frankreich und Deutschland spielen die Softwaresysteme von MIPS eine wichtige Rolle: Sie vereinfachen die Kommunikation zwischen den Laboren und den verschiedenen Behörden, bei denen die Daten zusammenlaufen und wo die betreffenden Berichte erstellt werden.

Als europäischer Marktführer auf dem Gebiet der Laborinformationsmanagement-Lösungen stellt MIPS außerdem unerlässliche Unterstützung für die Kunden bereit. Davon profitieren die Labore, die in dieser Gesundheitskrise an vorderster Front stehen und sehr viel Energie in die Verarbeitung der weiter zunehmenden COVID-19-Tests investieren, während sie gleichzeitig die alltäglichen Diagnose-Anforderungen erfüllen.

Unterstützung der diagnostischen Prozesse durch Maßnahmenpakete in Deutschland

In Deutschland hat MIPS in Hinblick auf die pandemische Situation diverse Tools und Maßnahmenpakete entwickelt und den Kunden zur Verfügung gestellt. Dazu gehörten Leistungen für die Umstellung der Kundensysteme aufgrund der von der Bundesregierung beschlossenen Absenkung der Mehrwertsteuer von 19 auf 16 Prozent.

Im Kontext der im Auftrag der Bundesregierung entwickelten Corona-Warn-App hat MIPS für die Kunden Maßnahmen bereitgestellt, um die Labore bei dem mit der SARS-2-Diagnostik einhergehenden Workflow bestmöglich zu unterstützen. Einbezogen waren Prozesse an der Datenerfassungsschnittstelle ebenso wie die Abrechnung der entsprechenden Laborleistungen.

Außerdem hat MIPS den diagnostischen Prozess durch Anschließen zahlreicher Laborautomaten diverser Hersteller unter Hochdruck in kürzester Zeit vorangetrieben. Projektseitig wurden verschiedene Kunden unterstützt, indem MIPS komplette Analyseplattformen und neue Laborbereiche in kürzesten Projektlaufzeiten eingerichtet hat.

Last but not least hat MIPS in Zusammenhang mit dem Deutschen Elektronischen Melde- und Informationssystem für den Infektionsschutz (DEMIS) eine neue Schnittstelle für den Export und die digitale Übertragung von meldepflichtigen SARS-2-Befunden an das Robert Koch-Institut (RKI) entwickelt.

„Wir sind sehr stolz darauf, einen Beitrag zu den nationalen Test-Plattformen in Belgien, den Niederlanden und Frankreich leisten zu können“, konstatiert John Lebon, CEO von MIPS. „Es geht darum, die COVID-19-Pandemie aufzuhalten und den jeweiligen Regierungen sowie dem Personal im Gesundheitswesen dabei zu helfen, die Krise unter Kontrolle zu bringen. Außerdem bieten wir allen unseren Kunden, die mit den Herausforderungen des Kampfes gegen die Pandemie konfrontiert sind, eine optimale Unterstützung. Wir passen unsere Lösungen nach Möglichkeit immer weiter an und ermöglichen unseren internationalen Kunden auch gepoolte Tests in GLIMS. Durch den grenzüberschreitenden Wissens- und Erfahrungsaustausch ist es uns gelungen, vier nationale Projekte optimal zu unterstützen – trotz des beispiellosen Zeitdrucks und der außergewöhnlichen Umstände, unter denen wir arbeiten mussten.“

„Ich nutze diese Gelegenheit, um mich bei allen im MIPS-Team zu bedanken, die an diesen umfangreichen Projekten beteiligt waren“, so John Lebon weiter. „Eine Leistung wie diese wäre nicht denkbar ohne die enthusiastische, professionelle, reaktionsschnelle und konstruktive Mitwirkung aller Beteiligten – angefangen mit unseren Kunden über unsere Mitarbeiter bis hin zu den nationalen Regierungen.“

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MIPS apporte une contribution majeure à la lutte contre le coronavirus

Dans leurs efforts pour contrôler la pandémie de COVID-19 et augmenter significativement leur capacité de tests, les gouvernements du monde entier ont mis en œuvre des programmes de dépistage. En Belgique, aux Pays-Bas, en France et en Allemagne, les solutions logicielles MIPS jouent un rôle essentiel dans ces dispositifs en facilitant la communication entre les laboratoires, les plateformes d’état, et l’ensemble des organismes qui centralisent et traitent les données.

Leader européen sur le marché des solutions de gestion de laboratoires, MIPS s’est aussi engagé naturellement à fournir à ces clients toute l’assistance dont ils ont besoin. Les laboratoires, en première ligne sur le terrain de la crise sanitaire, consacrent en effet une grande partie de leur énergie à traiter un nombre croissant de tests COVID-19 tout en poursuivant leurs missions quotidiennes de diagnostic.

La plateforme fédérale Belge pour le dépistage du COVID-19 s’appuie sur une solution MIPS

En Belgique, la plateforme fédérale mise en place par le gouvernement augmente la capacité de dépistage via la création d’un consortium composés d’hôpitaux universitaires, de sociétés de biotechnologies et de logiciels, et de laboratoires pharmaceutiques. Une plateforme informatique dans le « cloud », créée ensuite pour soutenir numériquement le workflow, garantit le partage des informations, de façon optimale et structurée, entre les laboratoires, les agences gouvernementales, les prestataires de soins et les traceurs de contacts.

Cette plateforme a été bâtie sur des solutions MIPS, en particulier le système d’information de laboratoire GLIMS qui a largement fait ses preuves en Belgique mais également dans toute l’Europe, et CyberLab, l’application permettant aux praticiens de prescrire les analyses et de consulter les résultats de leurs patients.

Les membres du consortium ont concentré leurs efforts pour que cette plateforme soit mise en œuvre dans un délai record. « L’engagement de MIPS a commencé par un appel téléphonique durant le week-end du 22 mars. Nous avons immédiatement affecté une équipe à ce projet pour soutenir le gouvernement dans la gestion de cette crise. Dès Le 9 avril, le système produisait ses premiers résultats, 17 jours seulement après le premier contact sur cette opération, » explique John Lebon, PDG de MIPS.

Pour l’intégralité du processus, une approche standard a été utilisée et grâce à un développement, les tests ont pu être automatisés à court terme. Il a ainsi été possible d’ajouter un laboratoire supplémentaire en moins d’une semaine.

Parallèlement, MIPS a aidé les laboratoires à intégrer des unités de tests PCR supplémentaires pour leur permettre d’accroitre leur capacité de dépistage.

Plus de 900 000 résultats de tests ont déjà été enregistrés dans la plate-forme. Et c’est loin d’être fini. MIPS est actuellement activement impliqué dans le déploiement de « Platform.bis ». Via cette plate-forme, l’objectif du gouvernement belge est d’étendre encore davantage la capacité de tests afin que tous les laboratoires belges référencés puissent atteindre un volume de 70 000 à 90 000 tests par jour.

MIPS poursuit ainsi son rôle essentiel dans la réalisation de cet objectif en s’assurant que les demandes de tests COVID-19 émanant des sources de soins primaires et des hôpitaux soient automatiquement transférées aux systèmes d’information des laboratoires, afin que ceux-ci puissent procéder efficacement et rapidement aux analyses.

« Nous sommes particulièrement fiers de pouvoir contribuer aux plateformes nationales de tests en Belgique, aux Pays-Bas, en France et en Allemagne, de lutter avec eux contre la pandémie de COVID-19 et d’accompagner les gouvernements nationaux et les personnels de santé dans leurs efforts pour maîtriser la crise, » commente John Lebon, PDG de MIPS. « De plus, nous nous engageons auprès de nos clients, confrontés aux défis que pose le combat contre la pandémie, afin de leur apporter un niveau maximum d’assistance. Partout où cela s’avère nécessaire, nous continuons à adapter nos solutions. Concrètement, nous soutenons également nos clients internationaux en permettant la réalisation de tests groupés dans la solution GLIMS. Par le partage au-delà des frontières des connaissances et de l’expérience, nous avons réussi à apporter une contribution optimale à quatre projets d’envergure nationale, en dépit de contraintes de délai inédites et des circonstances exceptionnelles dans lesquelles nous avons été amenés à travailler. »

« Je souhaite également saisir cette opportunité pour remercier chaleureusement tous les collaborateurs de l’équipe MIPS qui ont participé à ces grands projets, » ajoute John Lebon. « Une telle réalisation n’a été possible que grâce à l’attitude positive, professionnelle, réactive et constructive de toutes les parties concernées, de nos clients, de nos collaborateurs et des gouvernements nationaux. »

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